Masaüstü bilgisayarlarda hala beklenen seviyeye ulaşamayan Linux, konu süper bilgisayarlar olunca bu alanda resmen tek başına sazı eline almış durumda. Üstelik Windows bile ona dur diyemiyor. Son yayınlanan istatistiklere göre, süper bilgisayarların yüzde 94'ü Linux kullanıyor.
Top500'ün her ay düzenli olarak yayımladığı rapora göre, dünyanın en güçlü süper bilgisarından 462'si Linux çalıştırıyor. Geri kalan kısım ise yine Linux ve BSD'nin uzantılarını kullanıyor. Windows ise söz konusu listede oldukça gerilerde kalmış durumda. 500 süper bilgisayarın yalnızca 3'ünde Windows işletim sistemi mevcut. Üstelik o bilgisayarlar da Windows HPC Server 2008'le kısıtlanmış.
Grafikte de görüleceği üzere, Linux yükselmeye son hız devam ediyor ve bu durumun değişmesi için pek fazla neden yok. Cevabı ise oldukça basit: Linux oldukça hızlı. (Son ölçümlerde, 17,59 petaflop'a ulaştığı saptandı.) Bir diğer neden olarak Linux'un ücretsiz olması sayılabilir.